税務調査に際しては、原則として、納税者に対し、調査の開始日時・開始場所・調査対象税目・調査対象期間などが事前に通知されます。税務代理を委任された税理士にも通知されます。
税務調査の際には、質問に対し正確に回答すべきですし、求められたら帳簿書類等を提示、提出する必要があります。
必要がある場合には、取引先などに対し、質問等が及ぶ場合があります。
税務調査において、申告内容に誤りが認められた場合や申告する義務があるのに申告していなかったことが判明した場合には、調査結果の内容つまり誤りの内容、金額、理由が説明され、修正申告や期限後申告を勧められます。
しかし、納得がいかないのに修正申告等をしてはいけません。修正申告等をしてしまうと異議申立てや審査請求ができなくなってしまうからです。
税務調査の結果やその説明に納得できれば修正申告等を行います。
納税者が、修正申告や期限後申告に応じない場合には、税務署長や国税局長が、更正又は決定の処分を行い、更正又は決定の通知書が送られてきます。更正又は決定の処分を行うことができるのは、原則として法定申告期限から5年間ですが、偽り不正の行為があったときは申告期限から7年間更正又は決定の処分が可能です。
税務署長等が更正又は決定などの不利益処分や納税者からの申請を拒否する処分を行う場合には、その通知書に処分の理由が記載されます。
税務調査の結果、申告内容に誤りが認められない場合や申告義務がないと認められる場合などには、その旨が書面により通知されます。